微波杀菌设备利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。通过微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。
微波杀菌设备因有：时间短、速度快；低温杀菌保持营养成分和传统风味；节约能源；消毒杀菌均匀；连续可调，便于操作；工艺先进，只需具备水，电基本条件即可；设备的工作环境低、噪音小，改善了劳动条件，节省占地面积。所以可用于粉状、颗粒、片状等食品、药品、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌，杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮，酱菜、卤味等。