微波杀菌设备是通过热和非热的效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的杀菌效果。一般杀菌温度在75-80摄氏度，就能达到效果，此外微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46%-50%，而微波处理是60%-90%；常规加热猪肝维生素A保持率为58%，而微波加热为84%。
    常规热力微波杀菌设备是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌目的，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。

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