微波杀菌设备通过热和非热的效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的杀菌效果。一般杀菌温度在75-80摄氏度，就能达到效果，此外微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留的维生素C是46％-50％，而微波处理是60％-90％；常规加热猪肝维生素A保持率为58％，而微波加热为84％。
   常规热力杀菌是从物料表面开始，然而通过热传导至内部，存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间。往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波肯有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以杀菌均匀。

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