微波萃取设备热效率较高。传统热萃取是以热传导、热辐射等方式自外向内传递热量，而微波萃取是一种"体加热"过程，即内外同时加热，因而加热均匀，热效率较高。微波萃取时没有高温热源，因而可解决温度梯度，且加热速度快，物料的受热时间短，因而有利于热敏性物质的萃取。
    微波萃取的选择性较好。由于微波可对萃取物质中的不同组分进行选择性加热，因而可使目标组分与基体直接分离开来，从而可提高萃取效率和产品纯度。

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