由于微波杀菌设备是通过热效应和非热效应相结合来达到对食品的杀菌处理，因此可利用微波高频的电磁波直接穿透到作用在食品上，从而将食品内的分了结构及蛋白质破坏，让微波生物及死亡。微波杀菌设备的特点则是：
1.微波杀菌均匀：因为微波具有穿透作用，所以对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，让其加热杀菌更均匀。
2.微波杀菌机节能，效果好：微波是直接对食品进行作用处理，不存在额外的热能损耗，一般节电30-50％。
3.设备杀菌工艺先进、简单：不需要锅炉、复杂的管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。
