微波干燥设备与传统干燥设备不同，它是作为一个整体被加热，而且它的传热和散热目的相同。不过微波干燥设备也会面对一些故障问题。
1.物料的干燥和润湿不均匀。原因可能是微波干燥设备使用不当或设备上物料受低温影响导致结块导致。对前者，应加强对操作人员的技术培训，加强对操作技术的掌握；如果是后者，需要将干燥物料破碎并干燥。
2.微波干燥设备的物料着火。原因可能是物料不能被吸收，造成干燥机着火；也可能是设备太小，无法达到干燥效果，被迫加热，导致起火，所以它的使用方法要保证正确。
3.微波干燥设备“爆炸”。原因可能是干燥设备温度过高，使设备着火，也可能是设备堵塞，引起“爆炸”。