微波萃取设备主要是利用微波强烈的热效应，但微波加热方法不同于传统的加热方式。在传统的加热方式中，容器壁大多由热的不良导体系成，热由器壁传导至溶液内部须要的时间；此外，液体名义气化而引起的对传播热将构成自内而外的温度梯度，因而仅一小部门液体与外界温度相当。
   而微波加热是一个内部加热过程，它不同于一般的外加热方式将热量由外向内传递，能同时直接作用于内部和外部的介质分子，使全部物料被同时加热，即为“体加热”过程，从而可战胜传统的传导式加热方式所存在的温度上升较慢的缺点。

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