微波杀菌设备的微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。物料中的虫卵和细胞也会因分子极化驰豫，同时吸收微波升温，微波对细胞的热效应使蛋白质变性而死亡；微波对细胞的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，能够对细胞膜周围电子和离子浓度造成影响，从而改变细胞膜的通透性能，使细胞营养不良，不能正常代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到影响。此外，决定细胞正常生长和稳定遗传繁殖的核酸和脱氧核糖酸是由若干氢键紧密连接而成的卷曲型大分子，只要有足够强的微波就可以导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变或染色体畸变。