工业微波设备的微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。因为微波对细菌的热效应是让蛋白质变化，让细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，可以影响到细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，使细菌营养不良，不能正常代谢，细胞结构功能紊乱，及生长发育受到控制而死亡。另外，微波还会让细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸[RNA]和脱氧核糖核酸[DNA]，由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变。