近年来微波杀菌设备是一种应用范围很广的灭菌设备，可在多种食品加工中应用，和传统的灭菌方法相比，微波杀菌设备具有速度快、有利于保持食品的营养成分等优点。几乎所有的食品体系都可以采用微波来进行杀菌，这是其它很多杀菌设备难以做到的。
    关于微波杀菌设备的机理，40年代至50年代普遍认为只有致热效应。热效应理论认为，由于微波具有高频特性，因此，当它在介质内部起作用时，水、蛋白质、核酸等极性分子受到交变电场的作用而剧烈振荡，相互摩擦产生“内热”，从而导致温度升高，使微生物内的蛋白质、核酸等分子结构改性或失活，这样就会对微生物产生破坏作用。显然，这种利用微波的热力作用来杀灭微生物的解释并不难理解。
    细胞膜离子通道解释模型。微波杀菌设备按照该学说，细胞与外界联系而进行的一系列复杂的生物化学过程是依靠细胞膜上电位差控制的，即膜电位的改变能开放或关闭与外界联系的通道。细菌处于如此高的频率和强电场强度的微波场中，细胞膜电位很可能改变，其正常的生理活动功能也将改变，以致危及细菌的存活。