微波杀菌设备应用于各类饮料、矿泉水、纯净水、酒等的杀菌、防腐、防氧化、、保鲜等。可以使杀菌后的果汁饮料达到商业无菌的要求；可以满足设定的产量。
    微波杀菌设备的杀菌原理：
一、热效应：当食品处于微波场中，极性分子快速转动，分子之间互相磨擦，产生热量，从而杀灭繁殖体、霉菌及其孢子。
二、非热效应：在微波场内，核酸和蛋白质可产生变异，使微生物的死亡，构成微波的杀菌原理非热效应。医学研究发现，微波可影响、干扰DNA正常的复制、转移、合成和修饰等活动；食品研究发现，食品中常见的酶类对微波较为敏感；从细胞生物学角度分析，在微波场中，细胞膜（或细胞壁）可以发生机械性损场，使细胞内物质外漏，影响其生长繁殖。
    微波杀菌设备产生的温度仅代表食品吸收微波的量，并不是靠热量杀菌的，所以微波杀菌设备并不需要太高的温度，从而可以的保持产品的感官性状及营养价值。这就是它的价值所在。