在常规的消毒方法中，化学消毒法在许多国家已经明令禁止了，尤其应用在食品方面，因为这样会会污染食品，有损人体健康。其他常规消毒法有比如热水、蒸汽、热空气、紫外线、红外线、添加剂等，有的是时间太长，有的可能是会有污染。而微波杀菌设备的 优点是 而且速度非常快。因此，微波杀菌是消毒方法中最为理想的一种。微波杀菌的原理可以分为两方面，它既有热效应的灭菌，又有非热效应灭菌法，因此它具有双重的杀菌消毒功能。
    微波杀菌设备加热的时候，细菌体内的蛋白质、核酸成分等一些分子极性集团，在微波场下高速地旋转、振动，一方面加热使细菌蛋白质凝固而死亡。另一方面也可以让蛋白质、核酸变性而死亡。下面举个实例说明微波杀菌和保鲜的效果：日本气候潮湿，发霉是食品保存的一大严重问题，对海绵蛋糕用5-10KW微波照射2分钟左右，温度升高到70℃，15天内不发霉，而不用微波处理的在5天内就会发霉。