微波杀菌设备是通过的热效应和非热效应结合起来达到对食物杀菌的处理，热效应主要是通过微波加热的方法以达到的温度起到杀菌的效果，而非热效应我们也称之为生物效应，主要就是利用微波高频的电磁波穿透作用在食品上，从而破坏食品内的分子结构以及蛋白质，让微波生物和死亡。
    微波杀菌设备和常规的热力杀菌相比较，微波杀菌设备能在很低的温度和较短的时间内获得所要的杀菌效果，才能保证食品杀菌后可以保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味。微波杀菌设备主要是用于：调味品、包装熟食、粉体营养品、农产品等产品的烘干、杀菌、加热、熟化、烘焙等进行加工处理，同时还可以用于对木材产品、纸制品、化工产品、橡胶制品、药材制品等类别产品进行快速的干燥和杀虫处理。