微波杀菌设备是针对食品的杀菌而制造的微波应用设备。因为食品杀菌的种类繁多，有粉状食品杀菌、颗粒状食品杀菌、罐头食品杀菌、袋装食品杀菌等，每种产品都是不一样的，而且不是每种产品都能用微波杀菌，所以微波杀菌设备要根据不同的产品和工艺来制造。
微波对于粉状食品的杀菌，也有的要求，要求产品含水量达到15%，温度达到80-85度，这样才能降低产品菌落总数，也能将霉菌、大肠杆菌大量的杀灭。
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