微波萃取设备主要是用了微波强烈的热效应，但是微波加热方法不同于传统加热的方式。在传统的加热方式里，容器壁大多是由热的不良导体系成，热由器壁传导到溶液内部须要时间；另外，液体名义气化而引起的对传播热将构成自内而外的温度梯度，因而仅一小部门液体与外界温度相当。而微波加热是一个内部加热的过程，它不同于一般外加热方式是将热量由外向内传递，可以同时直接作用于内部和外部的介质分子，使全部的物料被同时加热，也就是“体加热”过程，从而可战胜传统传导式加热方式所存在的温度上升较慢的缺点。