时间短、速度快，节约能源是微波杀菌设备亮眼的地方，常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波杀菌设备是直接对食品进行作用，所以没有额外的热能耗损。相比而言，一般可以节电30%-50%。均匀，常规的热力杀菌是从物料表面开始，然而通过热传导至内部，存在内外的温差。为了保持食品的风味，缩短处理时间；往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波杀菌设备肯有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以杀菌更均匀。